أما نسخة جوثا : فهي مجهولة تاريخ النسخ ، ولكن يبدو أنها أحدث النسخ ، وقد أسقط ناسخها جميع الرسوم التشريحية والتوضيحية وآلات الجراحة ، وتتألف نسخة جوثا من 150 ورقة FOLIO أي 300 صفحة ، وفي كل صفحة 21 سطرا ، وفي كل سطر ما بين 10 - 12 كلمة . وأما نسخة الإسكندرية : فقد نسخت عام 1154 ه ، واسم ناسخها غير مقروء ، وهي مكتوبة بخطين مختلفين نوع الخط الأول ينتهي في صفحة 40 من المخطوطة ، ثم يستأنف بعده بخط آخر ، والخطان نسخيان جميلان . تتألف هذه المخطوطة من 230 ورقة أي 460 صفحة ، وفي كل صفحة من خط الناسخ الأول 17 سطرا ، في كل سطر 7 - 9 كلمات . وفي كل صفحة من خط الناسخ الثاني 15 سطرا ، في كل سطر 7 - 10 كلمات ، وقد كتب الناسخان فيها أسماء المقالات والفصول والعلماء والأدوية بلون آخر غير الأسود . وقد أحاط الناسخان كل صفحة من صفحاتها بإطار ، ولكنهما أسقطا جميع الرسوم التوضيحية والهندسية ، حتى مقطع العين في نهاية المقالة الأولى فقد جاء غير واضح . وقد وقع في المخطوطة سقط كثير يصل أحيانا إلى فصول كاملة بل إلى مقالات كاملة . عملنا في التحقيق : لقد انحصر عملنا في هذا الكتاب بمقابلة صور النسخ المخطوطة الثلاث وإثبات الفروق بينها في الهامش ، وقد آثرنا اختيار النص الذي نعتقد أنه الصواب من أية نسخة كانت وأثبتناه في صلب الكتاب ، ونبهنا على ما يخالفه في الهامش . وقمنا بضبط النص لغويا ، وتحديد بدايات السطور ، ووضع العلامات الكتابية ، وتحديد الكلمات أو العبارات التي تكتب باللّون الأسود لتركيز الانتباه عليها ، ووضع العناوين الهامشية المساعدة على متابعة المؤلف .